O Inea, por meio de sua Diretoria de Gestão das Águas e do Território, possui a missão de avançar com a agenda ligada à gestão das águas, de forma articulada e integrada ao gerenciamento costeiro e à gestão do território.
A Lei nº 3.239/1999 que instituiu a Política Estadual de Recursos Hídricos, criando o Sistema Estadual de Gerenciamento de Recursos Hídricos – SEGRHI e estabelecendo as diretrizes e regulamentações desta Política, tem como objetivo maior promover a gestão participativa entre os diferentes entes e as instituições envolvidas, não apenas na gestão das águas, mas buscando também alcançar a gestão do ambiente e demais políticas, tendo como base as bacias hidrográficas.